মুহাম্মদ ইউনুস ১৯৪০ সালের ২৮শে জুন ব্রিটিশ ভারতের বাংলা প্রেসিডেন্সির (বর্তমান বাংলাদেশ) চট্টগ্রামের হাটহাজারির কাপ্তাই সড়কের বাথুয়া গ্রামে একটি বাঙালি মুসলিম পরিবারে জন্মগ্রহণ করেন।[১৩][১৪] নয় ভাইবোনের মধ্যে তিনি তৃতীয়।[১৫] তাঁর পিতা হাজী দুলা মিয়া সওদাগর ছিলেন একজন জহুরি, এবং তাঁর মাতা সুফিয়া খাতুন। তার শৈশব কাটে গ্রামে। ১৯৪৪ সালে তার পরিবার চট্টগ্রাম শহরে চলে আসে এবং তিনি তার গ্রামের স্কুল থেকে লামাবাজার প্রাথমিক বিদ্যালয়ে চলে যান।[১৩][১৬] ১৯৪৯ সালের দিকে তার মা মানসিক অসুস্থতায় ভুগতে শুরু করেন। পরবর্তীতে তিনি চট্টগ্রাম কলেজিয়েট স্কুল থেকে মেট্রিকুলেশন পরীক্ষায় উত্তীর্ণ হন এবং পূর্ব পাকিস্তানের ৩৯ হাজার ছাত্রের মধ্যে ১৬তম স্থান অধিকার করেন।[১৬]
১৯৫৩ সালে ইউনুস বয় স্কাউট হিসেবে
বিদ্যালয় জীবনে তিনি একজন সক্রিয় বয় স্কাউট ছিলেন এবং ১৯৫২ সালে পশ্চিম পাকিস্তান ও ভারত এবং ১৯৫৫ সালে কানাডায় জাম্বোরিতে অংশগ্রহণ করেন। পরে, যখন ইউনুস চট্টগ্রাম কলেজে পড়াশোনা করছিলেন, তখন তিনি সাংস্কৃতিক কর্মকাণ্ডে সক্রিয় হন এবং নাটকের জন্য পুরস্কার জিতেন।[১৬] ১৯৫৭ সালে তিনি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের অর্থনীতি বিভাগে ভর্তি হন এবং ১৯৬০ সালে বিএ এবং ১৯৬১ সালে এমএ সম্পন্ন করেন।